В 1981 году больница награждена Почетной грамотой Министерства здравоохранения БССР по итогам Всесоюзного общественного смотра состояния охраны труда и техники безопасности.
В 1991г. на базе больницы открыты первые клинические кафедры Гомельского государственного медицинского института – кафедра хирургических болезней № 1 и кафедра внутренних болезней № 1.
В 1994г. в больнице выполнена первая лапароскопическая операция - холецистэктомия.
С мая 1995 по ноябрь 1998 года возглавлял больницу Добровольский Олег Васильевич. Продолжалось укрепление материально-технической базы учреждения.
С декабря 1998 по май 2014 года возглавлял больницу Бугаков Владимир Алексеевич.
В 2000 году на базе отделения лучевой диагностики открыто городское отделение ультразвуковой диагностики.
В 2001 году начато строительство парообразующей котельной. Физиотерапевтическое отделение реорганизовано в отделение медицинской реабилитации. В больнице выполнена первая лапароскопическая герниопластика и операция при варикоцеле. С 29.06.2001 года Территориально-медицинское объединение №3 г. Гомеля переименовано в учреждение «Гомельская городская клиническая больница №3», в составе которой входили стационар на 550 коек и поликлиническое отделение, женская консультация №3. Вышли из состава детская поликлиника №3 (ныне филиал №2 ГУЗ «Гомельская центральная городская детская поликлиника»), стоматологическая поликлиника №3 (ныне филиал № 3 ГУЗ «Гомельская центральная городская стоматологическая поликлиника»).
По итогам работы в 2001 году больница заняла 3-е место среди стационаров
г. Гомеля, а в 2002 году награждена Почетной Грамотой Национального собрания Республики Беларусь.
В 2005году на базе хирургического отделения №2 открыт городской центр малоинвазивной и реконструктивной хирургии. С 07.12.2005 года учреждение «Гомельская городская клиническая больница №3» переименовано в учреждение «Гомельская центральная городская клиническая больница». С 01.01.2006 года поликлинической отделение и женская консультация №3 вышли из состава учреждения. Сегодня это ГУЗ«Гомельская городская поликлиника№1».
В 2007 году на базе отделения лучевой диагностики открыт кабинет компьютерной томографии.
С 07.09.2009г. учреждение «Гомельская центральная городская клиническая больница» переименовано в государственное учреждение здравоохранения «Гомельская городская клиническая больница №3». На базе хирургического отделения №3 открыт областной центр «Диабетическая стопа».
По итогам работы в 2013 году больница заняла первое место среди стационаров г. Гомеля.
С 01.02.2014г. открыты отделение анестезиологии и реанимации для новорожденных на 6 коек и отделение анестезиологии и реанимации акушерское на 6 коек.
С мая 2014г. по настоящее время больницу возглавляет Худяков Иван Александрович.
Сегодня государственное учреждение здравоохранения «Гомельская городская клиническая больница № 3» является многопрофильным лечебно-профилактическим учреждением. Мощность больницы – 564 койки. В приемном отделении отдельно выделен акушерский приемный покой.
